Hidrografske potencijale čine relativno siromašne podzemne i površinske vode. Izdani su se tokom poslednjih 15-20 godina spustili na 5-10 m u kotlini, 10-15 m u pobrdima i 15-25 m u višim delovima. Gradski vodovod se snabdeva vodom iz bunara dubine 80 m, lociranih u Ribaru, duž leve obale Velike Morave, dok alternativni značaj imaju vode Bukovičke česme, u Bukovču, na 4 km severno od grada i neiskorišceni izdani oko izvorišta i gornjeg toka Jašanicke reke, koji - sa pošumljenom dolinom ove reke - predstavljaju najznačajniji ekološki zbeg Jagodine pred industrijskim zagađenjima. Površinske vode cine reke: Lugomir, na južnom, Belica, na središnom, i Osaonica, na severnom delu opštinskog područja, ali sve tri, tokom toplijih letnjih meseci, mahom, presuše. Ovde spadaju i veštacki zagađena jezera u Dragocvetu i Miloševu.